La actividad agrícola en Costa Rica constituye un pilar de la economía del país y representa el 33% de su PIB. Hoy en día, y desde el siglo XIX, la exportación de productos agrícolas sigue siendo un importante rubro en la captación de divisas y el desarrollo de Costa Rica. Por ello, la enseñanza de la Agronomía se incluyó a partir de 1881 como una cátedra de Ingeniería Civil, en la Universidad de Santo Tomás. En 1926 y con base en el Decreto 43, el Congreso Constitucional de la República acordó crear la Escuela Nacional de Agricultura que otorgó el título de Bachiller en Ciencias Agrícolas. Con la creación de la UCR por medio de la Ley 362, del 20 de agosto de 1940, la Escuela Nacional de Agricultura se convirtió en la Facultad de Agronomía, con la responsabilidad de continuar formando Ingenieros agrónomos. En 1973, con el fin de atender las necesidades de especialización, la Facultad se dividió en tres Escuelas: Fitotecnia (actual Agronomía), Zootecnia y Economía Agrícola. En 1992, se creó una cuarta Escuela: Tecnología de Alimentos.

 Desde la creación de la Escuela Nacional de Agricultura, la formación del Ingeniero Agrónomo ha estado conformada por materias de carácter obligatorio entre las que se encontraban matemática, inglés, química, botánica, agronomía, horticultura y física, y por materias electivas de acuerdo con la especialización elegida. Para realizar la docencia, las prácticas en cultivos y las labores de investigación, los y las estudiantes y los y las profesores(as) contaban en ese entonces con la Estación Experimental de San Pedro de Montes de Oca. Posteriormente, y debido a que la finca de San Pedro se destina como espacio para ser ocupado por la UCR, se establecieron fincas y estaciones experimentales en Alajuela, Fraijanes, Turrialba y en Santa Cruz de Guanacaste.

Quienes han dirigido la formación del profesional en agronomía han mostrado preocupación no sólo por considerar al/la estudiante como el sujeto prioritario del proceso de enseñanza-aprendizaje al ofrecerle un plan de estudio flexible, sino también por fomentar el desarrollo de la investigación. Lo anterior se refleja en los planes de estudio, así como por la estrecha vinculación existente entre la Escuela de Agronomía y las unidades de investigación de la Facultad de Ciencias Agroalimentarias, todas ellas relacionadas con el campo agronómico. Diversos convenios entre instituciones nacionales e internacionales son testigo de la fructífera labor en investigación que se ha realizado en la Facultad y en la carrera de Agronomía, hechos que han incidido positivamente sobre la formación del profesional en este campo.

En la actualidad, la orientación curricular se centra en la agricultura sostenible que involucra una producción responsable con el ambiente pero sin desestimar la productividad. Se promueven disciplinas como: el control biológico de plagas y enfermedades, el manejo integrado, la fertilización orgánica, el emprendimiento, el valor agregado, el manejo poscosecha de los productos agrícolas, el impacto ambiental, la informática y un adecuado manejo administrativo de la producción agrícola, lo que implica una fuerte interacción con las tecnologías desarrolladas por medio de la investigación local. El plan de estudios de la carrera ha venido considerando los cambios que ha experimentado la sociedad costarricense desde finales de la década de los 90 y principios del siglo XXI, así como el entorno geopolítico mundial. Más recientemente, el paradigma de la productividad ha sido reemplazado por el de la competitividad. Con respecto a la innovación tecnológica, la Escuela de Agronomía posee la infraestructura y el recurso humano necesario para introducir a los/las futuros(as) profesionales en este campo y producir o desarrollar programas de investigación que generen tecnologías en los espacios de su competencia, tanto a nivel nacional, regional como internacional.

En marzo del 2010, la carrera de Bachillerato y Licenciatura en Agronomía recibió el certificado de carrera acreditada por parte del Sistema Nacional de Acredtiación de la Educación Superior (SINAES).